Men in Black følger bragdene til Agentene K (Jones) og J (Smith), medlemmer av en topphemmelig organisasjon opprettet for å overvåke all utenomjordisk aktivitet på Jorden. De to MIB oppdager det hemmelige plottet til en intergalaktisk terrorist (Vincent D’Onofrio) som har ankommet Jorden for å drepe ambassadørene fra to motstridende galakser. K og J har bare et alternativ: fange terroristen eller Jorden vil bli ødelagt. En helt vanlig arbeidsdag for Men in Black.
